Linux je oveľa bezpečnejší ako by sa na prvý pohľad zdalo. Tento fakt pramení z vlastnej podstaty voľne šíriteľného softwaru. Ako aj vlastné Linuxovské jadro, tak aj väčšina aplikácií je k dispozícii v zdrojovom kóde. To umožňuje nielen kontrolu toho, čo vlastne program robí, ale pomôže veľmi ľahko lokalizovať chyby a bezpečnostné diery. Keď sa objaví problém, prípadne nejaká bezpečnostná diera, riešenie je k dispozícii väčšinou behom niekoľkých hodín, maximálne dní. Na posilnenie bezpečnosti je k dispozícii veľké množstvo programov: od bezpečnostných web-serverov, cez rôzne šifrujúce utility, PGP, až po širokú škálu bezpečnostných scannerov, ktoré vám pomôžu postarať sa i o ďalšie, menej vybavené počítače. Väčšina distribúcií obsahuje Firewall (aj viac verzií), pomocou ktorej môžete zabezpečiť celú vašu sieť pred nežiadúcimi návštevníkmi, môžete filtrovať IP adresy, služby alebo domény. Bezpečné vzdialené prihlásenie a správa systému je možná cez ssh. Linuxové systémy sú bez vírusov a spywarov, čím sa vlastne surfovanie po Internete stáva oveľa bezpečnejším. Pre Linuxové servery sú k dispozícii serverové verzie rôznych antivírových programov, ktoré pomôžu filrovať prichádzajúcu poštu na vírusy a tak zabezpečiť aj klientské počítače, ktoré nie sú na báze Linuxu.